Avant leur élection par le Conseil fédéral, les membres du Conseil sont sélectionnés par le Secrétariat d’État à la formation, à la recherche et à l’innovation SEFRI en collaboration avec la présidence du CSS. Après un examen par la Chancellerie fédérale afin d’éviter tout conflit d’intérêts, les candidats sont proposés au Conseil fédéral.
Lors du processus de sélection et de nomination, une attention particulière est accordée à la diversité des profils, de sorte que le Conseil reflète l’hétérogénéité du système FRI, notamment en ce qui concerne la proportion de femmes, les régions, les langues, ainsi que les types de hautes écoles. Un renouvellement intégral de toutes les commissions extraparlementaires a lieu tous les quatre ans. Les membres du conseil sont limités à trois mandats, soit douze ans.
Dans l’exercice de leurs fonctions au sein du Conseil, les membres sont tenus de représenter leurs propres points de vue et opinions, et non ceux de leurs institutions d’origine. Cela contribue notamment à garantir l’indépendance du CSS.